La sección de ilustraciones botánicas comprende más de 600 ítems, principalmente dibujos originales de plantas, más algunas copias y borradores, que se utilizaron para ilustrar libros o artículos de botánica. El mayor número corresponde a dibujos para el libro Botánica de los Cultivos Tropicales de Jorge León Arguedas, publicado en tres ediciones (1968, 1987 y 2000) principalmente para la primera edición. Un segundo grupo importante de ilustraciones provienen del libro Flora of Panama (1943) de Robert Woodson, y que fueron donadas a JLA por Woodson quien fue su profesor en la Universidad de Washington. Otras ilustraciones de plantas provienen de publicaciones del conocido botánico estadounidense J. Donnell Smith taxónomo especializado en la flora de México y Centroamérica, algunas anotada por el propio JDS. Otras corresponden a varias publicaciones botánicas de JLA, incluyendo algunas de su propia mano que realizó como botánico del Museo Nacional.